L’animation du site prévoit un certain nombre d’actions de gestion.
Pour une ripisylve intacte
L’intérêt patrimonial des habitats du fond des Gorges est très fort compte-tenu de sa présence insulaire dans les importantes chênaies avoisinantes. Leur préservation est ainsi encouragée par l’extension de l’Arrêté Préfectoral de Protection de Biotope, ainsi que par l’adhésion à la charte Natura 2000 ou la mise en place de Contrats Natura 2000 par les propriétaires publics et privés.
Des pelouses en reconquête
Les pelouses sèches et autres milieux ouverts abritent une diversité biologique importante et sont propices à l’alimentation de certaines espèces d’insectes et de chauves-souris. Peu à peu embroussaillées, elles perdent de leur attractivité. La création ou la restauration de clairières ainsi que la restauration d’unités pastorales grâce aux Contrats Natura 2000 viennent ainsi redonner à ces espaces une place déterminante dans le maintien de nombreuses espèces animales et végétales.
Pour des activités de pleine nature respectueuses de l’environnement
Les Gorges de la Nesque attirent certains passionnés d’escalade qui viennent défier ses falaises abruptes. Afin d'organiser cette pratique sportive en tenant compte de la fragilité des milieux rocheux et en assurant la quiétude de nombreux oiseaux en période sensible de reproduction, des conventions d’usage définissant des calendriers de pratique sont signées entre les propriétaires et le Comité Départemental de Montagne et d’Escalade.
Connaitre pour mieux protéger
Des opérations de prospection et de suivi des stations connues de Nivéole de Fabre sont réalisées afin de mieux connaître sa répartition sur le site et de proposer des mesures de gestion pertinentes. D’autre inventaires et suivis sont par ailleurs organisés concernant les insectes et les gîtes à chauves-souris.
D’autres actions sont développées dans la ZSC telles que des aménagements liés à la pratique des sports de nature et la préservation d’espèces patrimoniales, la conservation d’un réseau de gîtes pour les chauves-souris ou encore des actions de sensibilisation.