Le site Natura 2000 de l'Aygues s'étend le long de la rivière entre les départements du Vaucluse et de la Drôme, dans une zone qui correspond à la partie aval de la rivière, soit de la commune de Villedieu à la commune d'Orange.
L'Aygues est une rivière méditerranéenne en tresse, caractérisée par une hydrologie alternée par des périodes d'assecs et des crues violentes. C'est pour sa qualité de rivière "méditerranéenne en tresse" et les habitats qui y sont inféodés que le site de l'"Aygues" a été classé Zone de Conservation Spéciale au titre de la directive "Habitat-Faune-Flore" (92/43/CEE du 21 mai 1992).
Ce site représente un linéaire de 30 km pour une superficie de 817 ha. Le périmètre du site Natura 2000 concerne le lit mineur, l'espace de mobilité de la rivière, incluant également la ripisylve (ou forêt alluviale) et quelques cultures attenantes.