L'enjeu primordial pour ce site est de restaurer et/ou de conserver la dynamique naturelle en tresse de la rivière, raison pour laquelle, elle a été classée au titre de Natura 2000.
Le régime des crues, la divagation du lit et le transport de matériaux permettent la création et le renouvellement de bancs de galets où se développent les formations inféodées à ces milieux. Ces facteurs conditionnent également la présence des ripisylves caractéristiques des rivières méditerranéennes.
Cette rivière est menacée par la modification de son lit suite aux aménagements des berges, atténuant ainsi sa dynamique historique et dégradant les habitats et les espèces d'intérêt communautaire.
La ripisylve, en plus d'être un réservoir biologique important, c'est-à-dire qui abrite un grand nombre d'espèces animales, joue un rôle écologique important. Elle participe, grâce à son système racinaire, au maintien des berges, ce qui limite leur érosion, constitue également un filtre épurateur pour certains polluants et joue un rôle de frein à l'écoulement des eaux lors des crues.
Le maintien d'une ripisylve suffisamment large et en bon état de conservation est donc fondamentale pour assurer de nombreuses fonctions essentielles à la préservation du cours d'eau.
Restaurer la dynamique naturelle des cours d'eau participe à améliorer la continuité écologique, aussi bien aquatique que terrestre. En effet, l'Aygues et sa ripisylve permettent aux populations d'espèces animales et végétales, d'évoluer librement de la vallée du Rhône jusqu'au massifs des Baronnies. Cette continuité écologique permet donc aux espèces dans des secteurs éloignés, de rester connectées et de coloniser de nouveaux espaces.
Ci-dessous, les objectifs de conservation préconisés par le DOCOB :
