L'Aygues en tant que rivière méditerranéenne en tresse est caractérisée par un écoulement formé de plusieurs chenaux soumis à des crues violentes et des périodes d'assecs sévères. Entre ces différents chenaux, des bancs de galets et de limons exondés accueillent des habitas dits «pionniers».
Cette végétation présente une stratégie de développement et de colonisation spécifique. En effet, elle possède une forte capacité de recolonisation et se développera très rapidement dès que la baisse des eaux le permet.
Certains secteurs possédant des alluvions riches en éléments fins vont pouvoir accueillir les formations de Petite massette, plante protégée au niveau national.
Ces formations « pionnières » sont peu à peu colonisées par les saulaies arbustives. Celles-ci sont adaptées aux montées des eaux, apparaissant et se développant les années où les crues sont moins violentes.
En bordure de cours d'eau, les terrasses alluviales, moins régulièrement inondées, accueillent la ripisylve avec des essences caractéristiques comme les peupleraies noires et les peupleraies blanches.
Bien que très peu présente sur l'Aygues, les exsurgences phréatiques, source dont l'eau provient du même réseau hydrogéologique, permettent l'installation de formations végétales aquatiques bien distinctives.
Sur le site Natura 2000, 11 habitats d’intérêt communautaire côtoient les nombreux autres milieux naturels.
