Du fait de la présence d'eau et de milieux boisés, un grand nombre d'espèces trouvent abri sur ce site Natura 2000.
Deux mammifères aquatiques sont présents, le Castor, bien implanté et la Loutre, qui recolonise peu à peu le cours d'eau. Un grand nombre de chauves-souris sont également présentes sur le site.
Les habitats caractéristiques de l'Aygues sont propices à deux poissons d'intérêt communautaire, à savoir, le Blageon, le Toxostome mais également pour de nombreux reptiles et amphibiens.
Beaucoup d'insectes profitent des eaux limpides des sources pour leur reproduction comme par exemple l'Agrion de Mercure.
On y recense 11 espèces d'intérêt communautaire :
