Lorsque le DOCOB est validé, une structure est désignée par le COPIL pour assurer l'animation du site, à savoir la mise en œuvre des actions de gestion des sites Natura 2000. La France a opté pour la voie contractuelle et volontaire.
Ainsi, tous les titulaires de droits réels sur des parcelles à l'intérieur du site Natura 2000 peuvent alors adhérer à la démarche et participer ainsi à la préservation des habitats et espèces via :
- des Contrats Natura 2000 : passés entre les propriétaires et l'Etat, ils comportent un ensemble d'engagements, conformes aux orientations définies par le DOCOB, sur la conservation ou le rétablissement des habitats naturels et des espèces. En espaces agricoles, ces contrats prennent la forme de Mesures Agri-Environnementales et Climatiques (MAEC) qui propose à l'agriculteur un cahier des charges adapté aux enjeux environnementaux du territoire concerné.
- la Charte Natura 2000 : outil d'adhésion aux objectifs définis dans le DOCOB, elle contient des engagements de gestion courante et durable des espaces et renvoie à des pratiques sportives ou de loisirs respectueuses des habitats naturels et des espèces. Toute personne titulaire de droits réels ou personnels sur des terrains inclus dans le site peut adhérer à la charte.
Le contractant s'engage alors pour une durée de 5 ou 10 ans. Ces actions de gestion sont financées par l'Etat et l'Union européenne.